Raja Ampat menurut mitos masyarakat dahulu suku setempat berasal dari seorang wanita menemukan tujuh telur. Empat butir di antaranya menetas menjadi empat orang pangeran yang berpisah dan masing-masing menjadi raja yang berkuasa di Wa'igeo, Salawati, Misool Timur dan Misool Barat. Sementara itu, tiga butir telur lainnya menjadi hantu, seorang wanita, dan sebuah batu begitulah cerita pendek jaman dahulu.
Masyarakat Kepulauan Raja Ampat pada umumnya semua nelayan tradisional yang berdomisili di kampung-kampung yang kecil letaknya berjauhan dan berbeda pulau. Mereka adalah masyarakat yang ramah jika menerima tamu dari luar daerah mereka, apalagi kalau kita membawakan oleh-oleh buat mereka berupa pinang ataupun permen. Barang ini bisa menjadi semacam 'pipa perdamaian indian' di Raja Ampat. Acara mengobrol dengan makan pinang disebut juga oleh mereka dengan sebutan Para-para Pinang seringkali bergiliran satu sama lain saling melempar mob, istilah setempat untuk cerita-cerita lucu. Kehidupan koloni karang besar di daerah itu bersama dengan suhu permukaan lautnya yang relatif tinggi, juga bisa menunjukkan bahwa terumbu karang yang mungkin relatif tahan terhadap ancaman-ancaman seperti pemutihan karang dan penyakit karang, yang sekarang membahayakan kelangsungan hidup ekosistem terumbu karang di seluruh dunia. Pulau Raja Ampat yang terpencil dan relatif tidak terganggu oleh manusia.
Coral Triangle salah satu jantung dari keragaman hayati pertumbuhan terumbu karang dunia, membuat Raja Ampat sangat mungkin ekosistem terumbu karang terkaya di dunia. Keragaman laut yang tinggi di Raja Ampat ini sangat dipengaruhi oleh posisinya di antara Samudra Hindia dan Pasifik, seperti karang dan larva ikan lebih mudah dibagi antara dua samudera. Raja Ampat banyak sekali dengan model karang keragaman, ketahanan, dan perannya sebagai sumber penyebaran larva membuatnya menjadi prioritas global untuk perlindungan laut. Kepulauan Raja Ampat ini merupakan tempat yang sangat berpotensi sekali untuk dijadikan sebagai sumber objek wisata, terutama wisata penyelaman. Kepulauan Raja Ampat ini menurut dari berbagai sumber, merupakan salah satu dari 10 perairan terbaik untuk diving site di seluruh dunia. Bahkan, mungkin juga diakui sebagai nomor satu untuk kelengkapan flora dan fauna bawah air pada saat ini.
